«Задача трех тел»-ի պատմությունը սկսվում է 1960-ական թվականների Չինաստանում՝ Չինաստանի Մշակութային հեղափոխության ժամանակ։ Գիրքը բացում է վիրտուալ մի աշխարհ՝ մի կողմ թողնելով այն հզոր գիտական տեխնոլոգիաների մասին խոսքը, որոնք գոյություն ունեն իրական աշխարհում։ Գիրքը պատմում է մի գիտնականի մասին, որը փորձում է հաղորդակցվել այլ քաղաքակրթությունների հետ՝ հայտնվելով մի այնպիսի իրավիճակում, որտեղ միավորում են թե՛ մարդկային, թե՛ արևային համակարգի վրա գործող մի քանի տարրեր։

Գրքի առաջին մասը կենտրոնանում է գլխավոր հերոսներից մեկի՝ Վանգ Մաոյի պատմության վրա։ Վանգը ֆիզիկոս է, որը մասնակցում է մի շարք խորհրդավոր գիտական փորձարկումների, որոնք, ի վերջո, հանգեցնում են նրան, որ նա հայտնաբերում է նոր քաղաքակրթություն։ Սակայն նա սկսում է համաշխարհային վտանգի զգացում ունենալ, երբ պարզում է, որ մոլորակի վրա կարող է հայտնվել մի ոչ բարեկամական առարկա՝ արտահայտելով այսպես կոչված «երեք մարմինների խնդիր»՝ կապված այն հարցի հետ, թե ինչպես է հնարավոր կանխատեսել երեք առարկաների շարժումը, երբ նրանց միջև ուժերը փոխկապակցված են։

«Задача трех тел» («Երեք մարմնի խնդիրը») գրքի երկրորդ մասը նույնպես բավականին հարուստ է պատմվածքային զարգացումների և փիլիսոփայական հարցադրումների մեջ:

Այս մասում գործողությունները շարունակվում են առաջին մասում հնչեցված բարդ գիտական և տեխնոլոգիական գաղափարների հիման վրա, և պատմությունը տեղափոխվում է մի նոր մակարդակի, երբ մարդկությունը սկսում է շփվել շատ ավելի ուժեղ և տեխնոլոգիկապես զարգացած տիեզերական քաղաքակրթության հետ, որը կոչվում է «Տրեսների քաղաքակրթություն»։ Տրեսների քաղաքակրթությունն այլ մոլորակների վրա ապրող բանական տեսակ է, որը գաղտնի մոլորակային պատերազմի մեջ է՝ ինչպես իր՝ «Երեք մարմնի խնդրի» դինամիկայում, այնպես էլ՝ մարդկության հետ:

Գրքի առաջին մասում ներկայացվում է գլխավոր հերոսների կյանքը, իրենց հարաբերությունները շրջապատի հետ, ինչպես նաև ներքին պայքարները, որոնք աստիճանաբար սկսում են ձևավորել նրանց ճակատագիրը։ Այս մասում ընթերցողը ծանոթանում է գլխավոր կերպարներին և նրանց աշխարհայացքներին, որոնց վրա մեծ ազդեցություն ունեն արտաքին հանգամանքները և ընտանեկան, սոցիալական հանգույցները։

Գրքի առաջին մասում դրվում են սյուժեի հիմնական թեմաները՝ մարդու ու հասարակության միջև հակասությունները, սիրո և պատասխանատվության մասին մտորումները։ Հերոսները գտնվում են մի շրջափուլում, որտեղ նրանք փորձում են համատեղել իրենց անձնական ցանկությունները ու հասարակության ակնկալիքները, ինչը հանգեցնում է բազմաթիվ դաշնակցային ու ներքին հակասությունների։ Ընդ որում, այս մասում նրանք դեռ չեն պատրաստվում լիարժեքորեն ընդունել իրենց ներքին աշխարհը՝ հաճախ չհասկանալով, թե ինչ են փնտրում։

Գրքի երկրորդ մասում սյուժեն սկսում է ավելի խորանալ, և գլխավոր հերոսները անցնում են ավելի բարդ և ինտենսիվ ներքին փոփոխությունների միջոցով։ Այս մասում նրանց կյանքում տեղի են ունենում կարևոր փոփոխություններ, որոնք կապված են ինչպես արտաքին, այնպես էլ ներքին աշխարհների հետ։

Երկրորդ մասում հիմնականում կենտրոնանում է այն պայքարը, որ գլխավոր կերպարները մղում են իրենց իսկ ներքին հակասությունների և շրջապատող աշխարհի հետ։ Նրանք ավելի հստակ գիտակցում են իրենց առջև դրված խնդիրները՝ սիրո, ընտրության, ազատության և պատասխանատվության հարցերը։

Գրքի 4-րդ մասը շարունակում է խորացնել այն թեմաները, որոնք սկսվել էին նախորդ մասերում՝ ներքին աճ, կյանքին վերաբերմունք, սիրո և ընտրության խնդիրներ։ Հերոսները այժմ կանգնած են մի կարևոր խաչմերուկի վրա, որտեղ նրանք պետք է հասկանան, թե ինչպես ընդունել և վերջապես համակերպվել իրենց անցյալի հետ՝ միաժամանակ շարժվել առաջ դեպի ապագա։ Այս մասում ընթերցողը տեսնում է, թե ինչպես կերպարները ոչ միայն վերափոխվում են ներքուստ, այլև իրենց փոխհարաբերություններում բախվում են նոր մարտահրավերների հետ։